餐巾纸按国家标准，不允许含有致病菌，非致病菌按菌种差别每克含量要求也不同。

在餐巾纸生产过程中，由于农作物在种植过程中难免使用农药，所以诸如稻草、麦杆等纸原料中往往带有农药残留物。

另外，有些厂家使用回收纸，虽然也经脱色处理，但铝、镉等有害物质仍留在纸浆中，回收废纸中的不洁物及有害物质、微生物等，也不可能洗净。

除此，在餐巾纸的生产、包装、运输、贮存、销售过程中不够科学严谨，也能造成污染。一般情况下，餐巾纸容易受到致病性化脓菌、大肠杆菌、真菌及肝炎病毒等的污染，而引发痢疾、化脓感染、肝炎等多种传染病。

卫生纸全部用回收纸作为原料生产，与餐巾纸原料完全不同，卫生纸所含有超标的各种病菌、病毒会严重地危害消费者的身体健康。卫生部颁布的《消毒管理办法》中已明确禁止用卫生纸代替餐巾纸使用

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